一、申请时间
高新企业在申报过程中，中介机构（会计师事务所）的高新辅导起着重要的作用，中介机构必须严格按照审计准则执行审计程序，获取充分适当的审计证据、高新技术产品（服务）收入的佐证材料；在对研发费用的认定与归集上，从产品立项和预算管理、人员管理、设备及材料管理、委托外部研发管理、结项管理等流程分析中识别研究开发费用的关键控制点，对研发费用实施了进一步审计程序。但有部分事务所不按照要求去执行，给审计报告的权威性和高新技术企业申报的通过率带来一定的风险。
一、事务所审计过程中存在的风险
1、缺乏风险导向：
《高新技术企业认定专项审计指引》要求中介机构及相关人员应坚持原则，办事公正，据实出具专项报告，对工作中出现严重失误或弄虚作假等行为的，由认定机构在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。中介机构要了解申报企业研发项目和高新技术产品(服务) 产品的实际情况及其所处的整个市场环境；
2、缺乏高新技术产品（服务）收入的归集、核算及其佐证材料：
大部分企业未专门设置高新技术产品收入明细科目进行核算，同时在高新收入的确认上，未取得高新技术产品(服务)的佐证材料，如知识产权受理通知书或者授权证书、新产品新技术证明、检测报告、查新报告、销售发票等其他相关证明材料；
3、研发费用的明细账、核算、凭证完整性不够：
（1）未获取并查看研发费用明细账，审计前并未充分调研并获得审计证据，无法确认研发费用科目设置情况及研发费用核算情况；
（2）未获取在研发费用分配标准是否合理的相关资料；
（3）研发人员的确认：未取得全年个人所得税申报表、社保证明、工资分配标准等；
未取得科技人员汇总表，研发职能模糊；；
（4）研发人员工资费用的确认。
（5）研发费用直接投入的确认
未取得原材料明细账，如购入、入库、领料单、结存、研发项目分配等证据，无法确认直接投入的真实性及与研发项目的相关性；
（6）研发费用折旧及长期待摊费用的确认：未取得固定资产明细账和研发设备明细等证据，无法确认是否用于研发；未取得研发设备计提折旧测算表，无法确认研发设备折旧计提的正确性；
（7）研发费用中其他费用的确认：未检查管理费用明细账、费用分摊表、相关分配依据、费用发票等证据；未关注其他费用金额是否低于研发费用总额的20%；
4、专项审计和年度审计相悖：
部分事务所未获取近三年的年度审计报告及纳税申报表，底稿编制混乱，专审报告数据、纳税申报表、年报审计数据存在不一致的现象，并且未实施进一步审计程序。
二、申报过程中重点关注以下几点：
1、关注高新产品与国家重点支持的高新技术领域是否相符；
2、关注本期主要高新技术产品(服务)的毛利率并与上期比较，关注收入与成本是否配比，检查是否异常，两期之间是否存在异常波动，如有异常波动，应当查明原因；
3、关注高新技术产品(服务)收入和研发费用结构明细表的重大错报风险，明确管控程序和审计程序，获取充分、合理的审计证据，得出相应的审计结论，作为形成审计意见的基础；
4、关注单位时间段高新技术产品(服务)收入的波动情况，分析其变动趋势是否正常，是否涉及重大的关联方交易，是否符合申报企业的经营规律(如季节性、周期性等)，查明异常现象和重大波动的原因；
5、关注技术性收入中当期开始提供劳务、跨期完工的技术承包、技术服务、接受委托科研等合同，检查其是否采用完工百分比法确认收入，包括检查相关合同或协议、完工进度确认文件以及收款记录，关注完工进度的确认方法是否合理；
6、高度关注高新技术产品(服务)收入的确认方法是否与财务报表所采用的收入确认方法一致，是否符合适用的会计准则和相关会计制度的规定，前后各期是否保持一致；关注周期性、偶然性的高新技术产品收入是否符合既定的收入确认原则、方法；
7、将各研发项目的研发费用(科目)进行结构性分析，判断其合理性，作出相应记录；
8、高度关注人员人工的费用核算是否合理，应重点检查和关注整个人工费用结算的凭证和佐证资料，确定研发人员的工资费用是否真实、准确；
9、关注企业现金流量表、研发费用明细表中的人员推算的平均人员工资是否存在异常；
10、对于直接投入应重点关注研发支出、管理费用、原材料明细账、原材料购入、领料、结存明细表、研发项目分配表等，确认其结转研发费用合理性、金额的准确性；
11、高度关注折旧费用与长期待摊费用摊销项目，属于研究开发项目和非研究开发项目共用的资产，应检查折旧或摊销的分配方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分配的金额是否正确；
12、高度关注设计费用的付款申请审批单据，确认其费用发生的真实性、金额的准确性，委外设计费需关注协议；
13、关注无形资产的真实性及摊销金额的准确性，如属于多个项目使用的，按各项研发项目使用的工作量等方法计算后计入；
14、高度关注委托外部研究开发投入项目，检查研究开发项目中委托外部研究开发的投入额是否按80%计入研究开发费用总额，若超过80％，申报企业必须作出调整；
15、关注其他费用金额不高于研发费用总额的20%，如属于多个项目的，按单个项目直接投入占总投入比例进行分摊，若费用较小则直接计入某项目。
