科技型中小企业和创新型中小企业均要求综合评价所得分值不低于60分，但是限制性要求上有所差异。
从指标数量来看，科技型中小企业评价指标具体包括科技人员、研发投入、科技成果三类；创新型中小企业评价指标包括创新能力、成长性、专业化三类六个指标，并且三类指标有最低分的要求。
从评分指标设置来看，科技型中小企业和创新型中小企业评分指标和申报要求中均关注知识产权数量、研发费用占比。
创新型中小企业认定条件还侧重关注企业主营业务收入情况、资产负债情况和企业所属行业情况。而科技型中小企业认定条件则侧重关注科技人员数量。
直通车认定条件不同
科技型中小企业
1.国家高新技术企业：企业拥有有效期内高新技术企业资格证书；
2.国家科技奖项：企业近五年内获得过国家级科技奖励，并在获奖单位中排在前三名；
3.研发机构：企业拥有经认定的省部级以上研发机构；
4.标准化建设：企业近五年内主导制定过国际标准、国家标准或行业标准。
创新型中小企业
1.科技奖项：近三年内获得过国家级、省级科技奖励；
2.获得的资质：获得国家高新技术企业、国家级技术创新示范企业、知识产权优势企业和知识产权示范企业等荣誉（均为有效期内）；
3.研发机构：拥有经认定的省部级以上研发机构；
4.股权融资：近三年内新增股权融资总额（合格机构投资者的实缴额）500万元以上。
申报平台和有效期不同
科技型中小企业
1.科技型中小企业申报后仅认定当年有效，（只有入库编号，无证书和铜牌，以北京为例，市场上所谓的证书和铜牌均为假冒）。
2.科技部平台申报网址：https://fuwu.most.gov.cn/ ，评价认定标准全国统一，一般3-10月可申报，在线申报无需提交纸质材料。
创新型中小企业
1、创新型中小企业有效期为三年，每次到期后由企业重新登录培育平台进行自评，经中小企业主管部门审核（含实地抽查）通过后，有效期延长三年，目前暂无证书。
2、工信部平台申报网址
https://zjtx.miit.gov.cn/，评价认定标准全国统一，全年每月均可申报，在线申报无需提交纸质材料。
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